Oceniając bezpieczeństwo żywności, należy przede wszystkim skupić się na identyfikacji i zrozumieniu potencjalnych zagrożeń. Naukowcy na całym świecie podzielili te zagrożenia na trzy główne typy: biologiczne, fizyczne i chemiczne. Spośród nich zagrożenia biologiczne są uważane za najważniejsze, szczególnie w przypadku przetworzonej żywności. Jednak wysiłki mające na celu wyeliminowanie zagrożeń biologicznych mogą czasami prowadzić do zwiększenia zagrożeń fizycznych i chemicznych, jeśli nie są odpowiednio obsługiwane. Na przykład, chemiczne środki konserwujące są często dodawane do przetworzonej żywności, aby zapobiec zagrożeniom mikrobiologicznym, ale nadużywanie lub niewłaściwe stosowanie tych środków konserwujących może wprowadzać nowe zagrożenia chemiczne. Dlatego bezpieczeństwo przetworzonej żywności jest ściśle związane z metodami stosowanymi w jej przetwarzaniu, przy czym wybrana technika przetwarzania odgrywa kluczową rolę w określaniu ogólnego bezpieczeństwa żywności.